А зачем именно на SD?
Если надо только заменить атлас, то, судя по сайту Навитела, надо удалить (желательно сохранить предварительно) или переименовать (если места достаточно) старый и в то же место с тем же именем переписать новые карты. В последних версиях Навитела их дополнительно регистрировать не надо.
В самом Навителе есть возможность подключать новые карты (атласы). Там указывается к ним путь, после чего они должны проиндексироваться.

2) если навител другой по версии, то можно и на SD поставить, только он оттуда так просто запускаться не будет,
3) надо будет прописать путь к нему в файле Shell.ini на встроенной памяти.

ПС. пошагово вряд ли кто объяснит, так как у всех своя ситуация. У меня, например, уже новая уникальная (под себя сделанная) оболочка, на основании нескольких опубликованных. А как я понял, здесь надо чтобы со стандартного меню запускалось, а это уже другая песня.